微生物一般是指个体微小、结构简单，通常需要借助光学显微镜甚至电子显微镜才能看清楚的生物。且微生物种类繁多，包括细菌、病毒、古菌以及一些真菌、藻类、原生生物等。
微生物几乎无处不在，地上、水里、空气里，甚至在人体的各个角落。据不统计，正常体型的成年人约3万亿个细胞；而根据2016年一篇发表在《细胞》杂志上文章的重新估算，人体内的细菌大致也是这个数量，再加上真菌、病毒等其他微生物，总数量远大于人体细胞数。所以从某种程度上来讲，我们人体其实是人类细胞和各种微生物的集合，或者说是人和微生物组成的“超级生物体”。
各种各样的微生物在人体内外大量聚集，在不同的地方形成独有的微环境和小群落。这其中既有对人体不好的，造成各种疾病的有害微生物，也有很多是努力为人体“工作”的有益微生物。
肠道微生物群
每每说起人体微生物，第一反应可能就是肠道菌群。
很多新闻和报道都指出，肠道菌群和消化系统、免疫系统、甚至神经系统都有关系，也是目前科学研究最热门的领域之一。
甚至还有一个开玩笑的说法：“遇事不决，肠道菌群”，而这个说法也从侧面反映，肠道菌群确实和人体的很多器官以及生理功能都有着密切的关系，因此也有人会称之为“第二大脑” 。
顾名思义，肠道菌群就是肠道里的微生物，其中最多的是有益菌，如乳酸杆菌、双歧杆菌、拟杆菌等，常常出现在酸奶或保健品上的名字。这些有益菌不仅可以帮助人体消化，还会在致病菌入侵时，利用其数量优势与致病菌对抗，采取菌海战术抑制病原微生物的入侵，维持人体健康。
而沙门氏菌、一部分大肠杆菌就属于危险的致病菌，类似外来的恐怖分子，威胁着肠道菌群的稳定性。
同时也有不少介于两者之间的“两面派”角色（条件致病菌）。当菌群稳定时表现安分守己；一旦其他致病菌侵入或免疫系统缺陷时，有益菌失守，“两面派”们就会破坏肠道稳定，导致上吐下泻或者食物中毒等症状，危害人体健康。
健康、稳定的肠道菌群还可以促进身体的代谢，帮助治疗过度肥胖、高血压、高血糖等疾病。因此有些研究团队开始着眼于从肠道产生的粪便，希望通过把健康人粪便中的微生物群移植到患者身上，起到治疗的效果。如果未来可以实现的话，就像标题一样，“吃屎”说不定真的可以治病了。
还有研究分析抑郁症和肠道菌群的关系，发现在生活质量不同的人群细菌种类也会不同，这个差异可能会影响心理健康等问题；神经疾病同样也可能被肠道菌群影响，例如阿尔茨海默症（我们之前的文章讨论过的阿尔兹海默症新药，就和肠道菌群有关），但是这里面具体的疗效，以及神经与肠道菌群之间的因果关系还需要进一步检验。
至于在日常生活中，很多人会寄希望于多喝酸奶、补充有益的细菌，减缓肚子疼或者肠胃炎等病症。这种做法在不同的人中效果差异较大，还缺乏殷实的因果逻辑论证（我们也讲过酸奶和益生菌对你是不是真的有帮助，点击阅读原文）。所以更好的策略是注意日常饮食均衡，以维持肠道菌群的稳定。
口腔微生物群
除了肠道菌群，身体第二大微生物群体也属于消化道的一环——口腔，每天吃东西刷牙的地方。
口腔中大概有700种微生物，包含了维持健康的有益菌，也有会造成蛀牙、牙龈炎、牙疼等症状的致病菌，这也是为什么要经常刷牙，保持牙齿卫生的原因。
除了细菌以外，口腔里还有不少真核生物，尤其是真菌，而且往往是严重的致病菌。整个口腔大约有85种真菌存在，比如最常见导致疾病的是念珠菌。虽说名称是念珠，但它和佛教向善的思想并不一样，只是因为长得像念珠才得名。
念珠菌是一种条件致病菌，换句话说就是前面说的“两面派”，平常没有其他致病菌时比较安分，一旦有致病菌入侵，就会和致病菌联手在口腔里兴风作浪；比如念珠菌可以和变异链球菌一起导致蛀牙，和口腔链球菌一起导致口腔粘膜的损伤和溃疡。
同时口腔微生物带来的影响不仅和牙齿疾病有关，而是要复杂得多。
人们常说“病从口入”，口腔是我们吃东西、呼吸、喝水的大门，所以要是有微生物顺着口腔进入，就会危害到人体的各种器官，比如肠胃、肺、血管中等等，引发各种各样的疾病。举个例子，如果同时碰上口腔溃疡和牙周炎等疾病，致病菌就很容易通过溃疡的缺口进入到血管，进而可能就会导致各种心血管疾病。
不仅如此，口腔内的一些细菌还可能和口腔癌有关系，比如二氧化碳嗜纤维菌等等，就是检测口腔癌症的一个重要指标。
其他内脏器官微生物群
口腔、肠道等消化道器官或部位，会和食物、空气打交道，从而接触到很多细菌、真菌等微生物。
人体内一些其他内脏器官虽然不像消化道那样和外界频繁接触，但也有微生物分布。而且这些微生物同样有好有坏，要么有着十分重要的作用，要么对机体正常的生理功能会产生不好的影响。
以微生物相对多一些的生殖系统为例，生殖道内微生态环境对两性生殖功能、婴儿出生等都有重要的作用和影响。
女性生殖系统是一个复杂的生态体系，通常寄生有50多种微生物，其中数量相对较多的是乳酸杆菌。乳酸杆菌能够分解生殖道黏膜上皮内的糖原产生乳酸，维持pH3.8～4.4左右的酸性环境，而这种酸性环境可以有效地抑制其他致病菌的生长繁殖。
但正常微生物菌群的构成并不是一成不变的，它会随着女性体内各种激素的水平、以及其他身体状况发生变化，处在一个动态平衡当中。
一旦这个平衡被打破，一些有害的微生物就会乘人之危，给人体健康带来威胁。例如支原体、沙眼衣原体等病原微生物就与女性不孕、早产、流产等症状有关。
还有研究表明，生殖道菌群的紊乱可能与宫颈癌或癌前的病变发生有关系，会增加妇科肿瘤的发生风险。例如大家都比较熟知的，持续性高危型人乳头状瘤病毒，HPV感染会显著地增加子宫颈癌的发生概率，这也是为什么近些年出现了接种HPV疫苗的风潮。
男性的生殖系统也同样受到微生物菌群的影响。地铁或电视上常常出现的广告都会提到前列腺炎，其中感染性的前列腺炎就是由微生物导致，其主要病原体就是常见的大肠杆菌。
所以，这些难言之隐可能并不是你的问题，而是那些看不见的微生物的锅。