便秘虽然不是严重的疾病，但是，如果置之不理，忽略肠道所发出的警讯，则可能演变为扰人的难解问题，甚至引来重重的危机。特别是到了深秋天，天气变有暖变冷，身体排汗量变少，在不觉得口渴的情况下，喝水量也减少，大便中的含水量跟着降低，以致肠胃蠕动不够活跃，都可能加速便秘情况的恶化。
肛裂、痔疮：
当肠道内的粪便太干、排便困难，最常见，也是最直接的伤害，就是导致肛裂、痔疮。肛裂或是痔疮的患者，常因害怕大便时的疼痛与不易，潜意识里排拒上厕所，拖得时间愈久，粪便愈干燥，也愈难正常排出。而排便困难又会伤害直肠与肛门结构，所以，究竟是因便秘而形成痔疮，或有痔疮而使便秘问题无法改善，治疗之前，必须先找出因果关系，才能针对问题有效解决。
大肠穿孔并发腹膜炎：
若是粪石压迫肠壁，因而造成溃疡、出血，严重者，甚至可能引起大肠穿孔并发腹膜炎。
大肠憩室症：
便秘也有可能引发大肠憩室症，此病症在老年人间的盛行率很高，主要是因为肠壁肌肉层老化，而使得黏膜下层往较薄弱的部位凸出。近年来此病症有年轻化的趋势，而且以右侧结肠居多，专家分析造成发病年轻化的主因，普遍认为是饮食西化的结果，简单来说，即是纤维质摄取不足，粪便在肠道内变得又干又硬，使得肠道内的压力太高而导致。轻微的憩室发炎，会出现腹痛、腹胀、恶心、发烧等症状，如果严重到合并腹膜炎的话，就有立即的生命危险。
心脑血管疾病：
为了要使干硬的粪便得以排出，有些患者在如厕时，使出九牛二虎之力，这一屏气并加重腹压的作法，容易使原本已有心脏血管疾病潜在风险的人，血压突然上升，进而引发心绞痛、心肌梗塞、脑溢血或猝死等，致命的危机。
影响性功能：
长时间用力排便的习惯，也会导致直肠疲劳、肛门过度收缩及骨盆腔底部痉挛性收缩，有可能造成性欲减退或是根本无法射精。当性生活不协调或欠缺性高潮时，就会把个人在马桶上的困扰，扩大延伸到夫妻床笫之间。
心理问题：
长期便秘往往会加重患者的心理负担，特别是已经有肛裂、痔疮或心血管疾病的患者，使得原本再自然不过的排泄动作，成了生活中不可承受之重。
对于疾病或是服用药物引起的便秘，可以在求诊时向医师反应，是否调整用药或寻求其它的解决之道。至于一般非器质因素引起的习惯性便秘，如果症状不严重的话，通常在调整饮食与生活习惯，以及适度增加运动量之后，多半可以获得改善。