肛门疼痛，是由于肛门部感觉神经比较丰富，受刺激后会发生疼痛或剧烈疼痛。
肛门疼痛表现为：刺痛、胀痛、灼痛、坠痛等，可发生在便时、便后、或其他时间，引起肛门疼痛的原因有很多，概括起来有12种；如发生在排便过程中和肛裂、肛窦炎、内痔嵌顿、外痔水肿；表现为持续疼痛的细菌性痢疾、阿米巴肠、溃疡性结肠炎、血栓性外痔、肛周脓肿、肛瘘继发感染、直肠癌、肛门异物损伤等；表现为间隙性疼痛的肛门直肠神经官能症、阴部神经症候群、直肠炎症等。
肛门疼痛患者临床并不少见，大多数患者能找到明确的病因，但少部分患者病因不清，总体而言，导致肛门疼痛的原因大致有以下几个方面：
精神因素：多由精神紧张引起，如肛门直肠的神经官能症、阴部神经的症候群、坐骨神经痛以及尾骨神经痛反射至肛门而引起肛门疼痛。
异物及不良饮食刺激：如外伤、直肠内异物、辛辣食物及酗酒等均可刺激肛门，而引起疼痛。
肛门直肠周围感染：即肛门直肠周围脓肿、肛窦炎、肛乳头炎等，这些疾病也可造成肛门疼痛。
肛门疾病：如痔疮嵌顿、炎性外痔、血栓外痔、肛裂、肛瘘等，均可引起肛门疼痛。
肠道感染或腹泻、便秘：肠道感染，可使炎症刺激肛门，腹泻和便秘可使粪便通过肛门时，机械性刺激肛门，从而导致肛门疼痛。
肛管直肠肿瘤：无论良性肿瘤，还是恶性肿瘤，其表面黏膜感染或直接压迫肛门部，都可引导起肛门疼痛。晚期肛管直肠癌侵犯神经，可导致剧烈疼痛。